1993年、東京タワーでの社会見学中、中学2年生の3人の少女、光、海、風が偶然出会った途端に異世界「セフィーロ」に召喚される。導師クレフの導きを受けて、3人は魔法騎士（マジックナイト）としてセフィーロを救う旅に出る事になる。
神官ザガートはセフィーロの要である『柱』のエメロード姫を捕らえ、セフィーロは危機に陥った。3人の魔法騎士はザガートを倒すための協力者らと出会い、武器と防具を手に入れて成長させ、困難を乗り越え、立ちはだかるザガートの手下と戦い、ついに魔神を手に入れザガートに戦いを挑む。しかし、その先に待ち構えていた結末は、誰もが予想していたものとは大きく異なっていた。3人の少女はそこで初めて魔法騎士の真の意味を知り、傷つく事となった。この結末は読者にも大きな反響を及ぼした。
第二章では、第一章での結末を受けて、東京タワーで再会した彼女たち3人が今度は自らの意志でセフィーロに赴き、崩壊の危機に加えて他国の侵攻に晒されているセフィーロの為に、そして彼女たち自身の後悔を断ち切るために戦う事になる。
なお「第一章」「第二章」の呼称はビデオリリース時に名づけられたもので、TV放映時は第一章の終わりに「第一部 終」とテロップが入っていたという事実から、当初の呼称は「第一部」「第二部」であった事が窺える。
魔法騎士（マジックナイト）
獅堂 光（しどう ひかる）
声優：椎名へきる
本作の主人公。3人の魔法騎士の1人。14歳の中学2年生。8月8日生まれ。身長145cm。血液型O型。好物はアイスクリーム。家族は両親と3人の兄がいるが、父は幼稚園児の頃の光に剣道で負けたため修行の旅に出ており、長い間家には帰っていないらしく、代わりに兄3人には大切にされている。テーマカラーは赤。明るく元気いっぱいで誰とでも仲良くなれる性格だが、言い出したら聞かない頑固な面も持つ。3人の兄の影響か、やや男の子みたいなしゃべり方をするが、一人称は「私」でボク少女ではない。海、風の事は海ちゃん、風ちゃんと呼んでいる。身長が低く、童顔であり、よく実年齢よりも幼く見られるのが若干コンプレックスである（風に、「てっきり小学生かと」、海に、「どうみても11歳くらいだわ」とまで言われている）。また、女子校に通っており、学年を問わず人気がある。3人の中で1番運動神経がいい。愛犬の閃光（ひかり）を飼っているためか、動物と意思疎通をはかる事ができる。3頭身の描写になると時々猫の耳とシッポが出る。
東京タワーにおいて他の2人と共にセフィーロへと召喚される。当初、光は魔法騎士に対して正義のヒーローのようなイメージを抱いていて、その使命感で冒険していた節がある。クレフより授けられた魔法はその性格のとおり炎の魔法。3人の中で最も攻撃的威力が高いものと思われる。実家が剣道の道場で、小さい頃から剣道を習っていたため剣が得意。プレセアに創ってもらった剣は、他者が手にすると炎を発する。炎の神殿において炎の魔神・レイアースに認められ、それを「纏う」ようになる。
他の2人より一足先に魔法を習得し、襲ってきたアルシオーネを「炎の矢」で撃退した。沈黙の森を抜けた後のアルシオーネとの再戦では、海が負傷した怒りで魔法の威力を上げてアルシオーネと一騎打ちを行うが苦戦、海の魔法で勝利を収めた。エテルナでは愛犬・閃光の幻と戦い「紅い稲妻」を習得。アニメでは、アスコットの魔物・ビガー（光が拾ってヒカリと名付けていた）を葛藤の末倒す。カルディナに操られて風を攻撃した事もある。ラファーガとの対戦では剣しか使えない相手に魔法を使うのはフェアではないという理由から、最後まで剣のみで対戦した。3人の中では最後に魔神を手に入れた。
その性格から色恋には無縁だったが、第二章ではランティスと惹かれ合っていく。
作中での髪型は細い1本の三つ編みだったが、連載予告時のイラストでは髪型がポニーテールだった。
龍咲 海（りゅうざき うみ）
声優：吉田古奈美（現在の芸名は吉田小南美）
3人の魔法騎士の1人。光と同じ中学2年生。3月3日生まれ。身長158cm。血液型A型。家族は両親のみ。テーマカラーは青。モデルみたいな美人と評されるが、言葉がキツい上に言いたい放題しゃべるため、初対面の印象はあまり良くない。クレフと初対面時には、子供と呼ばれた事から「そっちだってどう見ても10歳前後じゃない」と発言した。光、風の事は呼び捨てにする。典型的なお嬢様タイプで、実際、お嬢様御用達の学校に通っている。しかし本当は仲間思いの優しい少女であり、非常に傷つきやすく、TVアニメ版では最後において性格が意気地なしである事を自ら露呈している（アルシオーネを救えなかった事を相当引きずっていたらしい）。
学校ではフェンシング部に所属しており、原作第1部で召喚された日は大会の3日前であるらしい。
東京タワーで光や風と一緒だったときに突然セフィーロへ召喚される。初めは無理矢理連れてこられた事からイヤイヤ旅をしていた。クレフより授けられた魔法は水。第一章で「水の龍」、「蒼い竜巻」を習得し、第二章では新魔法「氷の刃」を習得した。プレセアに創ってもらった細身の剣は、他人が持つと水になって流れ落ちる。海の神殿において、水の魔神・セレスに認められ、後にそれを「纏う」ようになる。
マッチョが嫌いらしく、第2章ではチゼータの守護精霊・ラクーンとラシーンには特に強い拒絶反応を示していた。
唯一、最後までカップリングが成立しなかった、と言うよりは、原作版では明言を避けており、TVアニメ版では明確にクレフへの好意を示し告白する寸前までいった。
趣味は「ケーキ作り」だが本人は甘いものが苦手だったり、セフィーロに召喚された時に「ハーゲンダッツのアイスクリームが食べられなくなる」と嘆いていたりと、妙な矛盾があるが、原作版おり込みのオールカラー漫画「ボーナスステージ」で、その事を指摘された海が『味見は他の人に食べてもらって聞く』と答えた為、光と風が「（それって、実験台？）」と青ざめていた。3人の魔法騎士の中で1番背が高い。
沈黙の森を抜け出した際に、アルシオーネの奇襲を受けて重傷を負うが、苦戦する光を助けたいと願う思いで、魔法「水の龍」を覚え、アルシオーネを撃退した。その後エテルナでは両親の幻と戦う。アスコットと対戦後、アスコットを諭した（その後アスコットに好意を持たれる）。3人の中では最初に魔神を手に入れた。モコナとのやり取りも非常に多かった。後半登場のバトルコスチュームは、ハイレグレオタードにロングブーツとなっている（TVアニメではチゼータに捕らわれ、チゼータの民族衣装〔アラブの踊り子風の衣装〕着用時に『お腹の出てない服にしてほしかった』と発言しているが、更に露出の多いハイレグレオタードのコスチュームに関しては文句を言わなかった）。
鳳凰寺 風（ほうおうじ ふう）
声優：笠原弘子
3人の魔法騎士の1人。光や海と同じ中学2年生。12月12日生まれ。身長156cm。血液型A型。家族は両親と姉がいる。テーマカラーは緑。いつもおっとりにこにこしていて、敬語でしゃべっているが、非常に頭が良くまた策略家である。しかしある事がきっかけで、比較的素直な性格になる。一人称は「わたくし」。光、海の事は光さん、海さんといったように、友達のような親しい相手でも「さん」付けで呼ぶ（一部の例外は除く）。女子校に通っている模様。
東京タワーで光達と出会い、その直後にセフィーロへ召喚される。クレフより授けられた魔法は風。3人の中で唯一回復魔法や防御魔法がある。弓道部に所属しているので得意武器は弓矢だが、後にプレセアに創ってもらった武器は剣である。剣は成長するにつれて、他の2人のように形が変化することはないが、長くなる（最終的には身長を上回った）。また、自分が持てば羽のように軽いが、他の人が持てば地面にめり込むくらい重くなる。空の神殿において、風の魔神・ウィンダムに認められ、後にそれを「纏う」ようになる。普段彼女は眼鏡をかけているが、魔神に乗り込み防具を身に纏うと眼鏡が無くなる（その服装で魔神の外に降り立つ事も可能。光も海も同様）。
好きな食べ物はてっさ、塩辛、もずくと渋いものが多い。前述したとおり、弓道が得意だが、OVAではピアノ（上級レベル）を弾いている他、アニメでは歌も披露している。
アニメの第3話では、100m程先にある、魔物を生み出す岩を弓矢で射止める。この戦いの後でフェリオからマジックアイテムをもらい、いつでも通信できるようになった。その後アルシオーネとの戦いで重傷を負った海を助けたいという思いで、回復魔法「癒しの風」を習得する。また、伝説の泉エテルナで攻撃魔法「碧の疾風」を発動させ、自分自身の幻を倒した。海の神殿ではアスコットが召喚した魔物に苦戦する海を助けるため、新魔法「防りの風」を発動させる。空の神殿でのカルディナとの戦いでは、操られた光と海に攻撃されたが、最後まで二人を信じて反撃はしなかった。その際に束縛魔法「戒めの風」を習得し2人を拘束。風も操られそうになったが、「碧の疾風」でカルディナを撃退した。アニメ第7話では囮となったフェリオを助けたいと願う強い思いで、剣を成長させ、前の戦いでは歯が立たなかったアスコットの魔物を倒す。またアニメ第二章では一時ファーレンに捕らわれたが、フェリオに救出された。その後、デボネアが生み出した魔物との戦いで新魔法「碧の烈風」を習得した。
連載予告時のイラストでは眼鏡をかけていなかった。また、フェリオとは第二章で相思相愛となった。左手の薬指にフェリオにもらったリング（本来はピアス）をはめている。
※第一章では光に主軸を置きつつ、3人全員が主人公であるようなスタンスであったが、第二章では光を主人公に置いて、海と風が光を支える形で描かれている。
モコナ
声優：白鳥由里
白くてふわふわな謎の生き物。魔法騎士たちの水先案内人。
モコナを参照
セフィーロ
主人公三人が突如として飛ばされてきた異世界。いわゆる剣と魔法のファンタジー世界であり、ここでは「心の強さ」が全てを決定する要素となる。「柱」と呼ばれる元首の祈りによって世界が支えられており、もし「柱」が祈る事ができなくなれば、セフィーロも崩壊してしまうという。ちなみにセフィーロの空はオートザムから望遠鏡を使えば見えるらしい。 名前の由来は、日産・セフィーロ。
みかんいろ バリトン サーファ マスター ハンディー ニュルン すみのえ ロフルス タラップ ステン ハート フォロワー ダイヤ ディク ランド パーク カーブ シャト ラン トップ とうたい ジャン ルー メルク ニックス カレワ とうみょう ぶきいろい ディッシュ ラベル タオイズ ダイアモンド ショウ ベッド おじま ハイボー タイプライ 宇宙ステー ピンタック オートクチ ティンカー カラム モッコク ヤード きくらげ トータル ケトン ヒョウ メンバー チャンネル
エメロード姫
声優：緒方恵美
セフィーロの「柱」たる女性。彼女の祈りなしにはセフィーロは成り立たないが、臣下であるザガートを愛してしまうという、柱として持ってはいけない想いを持ってしまったため、自身を水の牢屋に幽閉し、殺害してもらう為に異世界から魔法騎士を召喚した。金髪のふわふわ長髪に幼女のような姿だが、物語のクライマックスで成長した姿へと変わる。なお、セフィーロの国民がエメロード以前の柱を知らない事から、かなりの年齢であると考えられるが、クレフが『誕生時より見守っていた』と発言している事から彼よりは年下と考えられ、更に産まれた時から柱になる事が決まっていたようである。フェリオという弟がいる。原作、TVアニメやそれ以降の媒体（主にゲーム）などでは彼女は魔法騎士に倒される結末を迎えるが、OVA盤のみ精霊として登場し最後まで生存する。身長125cm。名前の由来は三菱・エメロード。
クレフ
声優：佐々木望
セフィーロで最高位の導師（魔導士。読み方はグル）。その容姿は幼く見えるが実は745歳（本人談）。最高位の導師であるわりには気が短いところもあるが、TVアニメ版で巨大なセフィーロの城全体を結界で包むなど実力は本物。ザガート、ランティス、アルシオーネの師匠でもあり、光たち3人に魔法を授けた人。TVアニメ版ではアルシオーネの精獣を撃破後、突如背後に現れたザガートの気配に反応が遅れ、石化されてしまう（石化はザガートが死亡した事で自動的に解けた）。魔法騎士の3人の少女たちに『伝説』の真実を伝えず、そして彼女たちの心を傷つけた事に罪悪感を持っている。彼の言葉が正しければ、エメロード姫より年上と言う事になり、セフィーロの先代の柱にも仕えていた事になる。また、原作では水の牢屋に入ることを選んだエメロードからモコナを受け取っている。第2章では、過去の罪悪感により眠れなくなった海に薬湯を入れてやるなど、ちょっとしたラブコメを展開していた。TVアニメ版の最終話で海に告白されかけている（海本人が途中でやめた）。原作・アニメ共に彼の年齢745歳は公式であるが、実はTVアニメ版でクレフは自分の年齢を語っておらず、ファンの中にはゲームや原作を読んで初めて知ったというケースも多かった。身長120cm。
名前の由来はマツダ・クレフ。
なお、アニメで彼の役を担当した佐々木望がその745歳という年齢と海とのミニラブコメを、ビデオの映像特典でネタにしていた。
プレセア
声優：篠原恵美
セフィーロで最高位の創師（ファル。武器職人）。クレフの勧めで「沈黙の森」に家を建ててモコナと暮らしていた。光たち3人にエスクード製の武器を創って与えた。しかしTVアニメ版では、その際にアスコットが放った魔物の攻撃で崩れた館の下敷きになり、死亡する。趣味は折檻で、かなりひどい内容である（モコナの耳を引っ張る、魔法騎士3人を釜茹でにする、など。しかし、いずれも未遂に終わった）。ときどき他人の話を聞かず、己の想像（妄想?）の世界で遊んでしまう癖がある。好きな食べ物はブイ・テック（セフィーロの果物。ホンダのVTECエンジンに由来）。光からもらった地球の世界のお菓子の味にも満足している。身長166cm。
名前の由来は日産・プレセア。
TVアニメ版のプレセアの死については、原作コミックとの差別化を計ったのと、当初第2部のアニメを制作する予定が無かった為とする説が有力である。しかし、監督がメインキャラ死亡に反対の立場だったという事と、何よりファンからの苦情が多かった事もあってか、TVアニメ以降の媒体（主にゲーム）などでは彼女は原作通り死なないケースが多い。
フェリオ
声優：山崎たくみ（子供時代の17話は冬馬由美）
エスクードを探す光たちが「沈黙の森」で出会った少年。髪の毛は緑色で、鼻と頬に傷がついており、体ほどもある剣をもっている。「沈黙の森の出口に案内する代わりに、森を出るまで自分たちの護衛をする」という風が出した条件で、魔法騎士たちとともに行動する。武器が効かない敵の対処法を知っていた事から、魔物関係の知識はあると思われる。沈黙の森を出て、アルシオーネの襲撃を受けても「自分たちが約束したのは沈黙の森を出るまで」「これは自分たちの戦い」と言って助太刀を頼まなかった風に惚れた。実はエメロード姫の弟で、セフィーロの王子。身長160cm。
第二章では風と相思相愛の間柄になり、「セフィーロ初の公認カップル」と称されている。また、彼が両耳につけている金色のピアスは、「大切な人が出来たら差し上げなさい」と姉・エメロードからもらったもの。
名前の由来はホンダ・シビックフェリオ。
アニメで彼の役を担当した山崎たくみが予告で「出番が減ってるぞ」と念を押した事をネタにしていた。
ランティス
声優：小杉十郎太
魔導師（イル）となれるほどの魔力と、剣闘士（ダル）をも凌ぐ剣術を兼ね備えたセフィーロで唯一の魔法剣士（カイル）。クレフの弟子の一人で、ザガートの実弟。その姿と声はまさに兄の生き写しである。以前はラファーガの前任の親衛隊長で、兄ザガートと共にエメロード姫の補佐をしていたのだが、柱制度に疑念を抱き、突如行方をくらます。その後、各国を転々としていたがオートザムに最も長く滞在しイーグルとも親しかったようである。オートザムでも一目置かれていたらしく（TVアニメ版でのファイターメカ同士の決闘で、無敗だったイーグルの乗るFTOに性能の劣る量産機で土を付けたほど）、オートザム政府から正式なファイター登録（軍への入隊）を勧められたが断った。柱崩壊の際にセフィーロに帰還。冷静で理性的な人物で、兄を倒した光たち魔法騎士の立場や胸中にも理解を示す。原作、アニメ版共通してキーマンになる人物。酔うと周囲のものに抱きつく癖があり、他の国で結構誤解されたらしい。アニメでは黒ずくめの服装をすることが多く、また黒い馬のような精獣に騎乗することも多い。身長198cm。
名前の由来はマツダ・ランティス。
プリメーラ
声優：白鳥由里
ランティスが連れている…というより、一方的にランティスに付きまとっている妖精。パステルピンクのチュチュのような服を着ている。髪の色はペパーミントグリーン。危ないところを助けてくれたランティスに一目惚れし、以後命の恩人たる彼と行動を共にしている。治癒魔法や強化魔法も使え（呪文は両方とも『フーチュラ』だが原作は強化魔法〔漢字表記は魔法増幅〕、TVアニメ版は治癒魔法として使用）、戦闘時はランティスの補佐も行う。ランティス自身にはその気は無いが、彼女はランティスとの幸せな未来を思い描いて（妄想して？）おり、その為ランティスに近づく女性にすぐやきもちを焼く（偶然だが、当時白鳥の愛車はマツダ・ランティスであった）。モコナとは海に次ぐ漫才コンビである（モコナに食べられた事もある）。身長24cm。
名前の由来は日産・プリメーラ。
シエラ
声優：篠原恵美
TVアニメ版のオリジナルキャラ。プレセアの双子の妹。光達やクレフ、アスコットを傷つけたくなくて「プレセアが蘇生した」と称して姉のふりをしていた（後述の「アルシオーネが蘇生した」という出来事に基づいた思わせぶりというものがそこにはあったようだ）。姉との違いは胸にある鳥形のあざ。また劇中の発言によると、伝説の武器の修理は出来るが新しい武器を作る事だけは出来ない。身長166cm。
名前の由来はゼネラルモーターズのピックアップトラック（GMCシエラ）、欧州フォードのセダン、あるいはスズキ・ジムニーの小型乗用車バージョンから。ジムニーの海外名の一つでもある。セガサターン版ゲームにはジムニーというオリジナルの魔物も登場している。